Los gastos del Administrador, tal como indica la Ley, son de cargo del Fondo Autónomo de Protección Previsional, con un presupuesto anual elaborado por la dirección ejecutiva y aprobado por el Consejo Directivo, para posteriormente ser visado también por el Ministerio de Hacienda.
Cabe señalar que existe separación patrimonial entre los recursos del Administrador y los del Fondo Autónomo de Protección Previsional. Además, el Administrador está sujeto a altos estándares de transparencia y probidad.