El Administrador del Fondo Autónomo de Protección Previsional es un organismo de carácter técnico y autónomo dotado de personalidad jurídica y patrimonio propio, que se relacionará con el Presidente de la Republica a través del Ministerio de Hacienda. La organización, funciones y atribuciones del Administrador se rigen según lo establecido en la Ley N° 21.735.
La dirección superior la ejerce un Consejo Directivo, integrado por cinco miembros de reconocida trayectoria, nombrados por el Presidente de la República y ratificados por el Senado. Asimismo, la operación diaria y su dirección técnica y administrativa están a cargo de un Director Ejecutivo designado por el Consejo, quien es responsable de conducir al equipo ejecutivo para cumplir con el mandato que establece la Ley.